Katedra molekulární biologie

Cílem předmětu je v bakalářském, případně magisterském stupni studia seznámit studenty napříč biologickými obory se základními bioinformatickými přístupy a nástroji, se základními typy analýz biologických dat, prací s databázemi a bioinformatickým softwarem.

Obsah přednášek:

1. Co je bioinformatika, řešené úlohy, druhy biologických dat, úvod do databází
2. Databáze, struktura databází, přehled nejdůležitějších biologických databází a online služeb, NCBI, EMBL-EBI, infrastruktura ELIXIR
3. DNA a proteinové sekvence, alignment sekvenci, pairwise alignment, multiple alignment
4. Pozičně specifické substituční matice, profily a skryté Markovovy modely, PSI-BLAST
5. Prohledávání sekvenčních databází, NCBI blast
6. Sekvenování DNA, assembly, genome assembly, contig, scaffold, sekvenování nové generace
7. Organizace a evoluce genomu, anotace genomů, predikce genů, komparativni genomika
8. Analýza genové exprese, microarrays, RNA-Seq, ChiP-Seq, EST
9. Genové a jiné ontologie, signální dráhy
10. Molekulární fylogenetická analýza
11. "omics" data, high-throughput technologie, zpracování velkých dat, shlukovací algoritmy
12. Strukturní bioinformatika - analýza proteinových struktur - povrch, náboj, konzervovanost, motivy, predikce funkce proteinů
13. Strukturní bioinformatika, predikce 3D struktur, ab initio, homologní modelování, databáze proteinových struktur
14. Molekulární interakce, docking, virtual screening - vyhledávání a optimalizace léků

Obsah cvičení:
Praktické používání bioinformatických metod a programů které byly předmětem přednášek


The course is designed as an introduction to Genomics and Functional Genomics and to provide participating students with a solid foundation in the basics of genome research that can act as a basis for further lecture series, for example, within the Bioinformatics program. The course encompasses both theoretical and practical hands-on teaching in both traditional lecture theatre and computor lab based environments.

The course is gauranteed by: Dr. Alexander W. Bruce Ph.D (awbruce@prf.jcu.cz).

The course lecturers are: Dr. Alexander W. Bruce Ph.D (awbruce@prf.jcu.cz), RNDr. Eva Nováková Ph.D.(novaeva@paru.cas.cz) and RNDr. Filip Husník (filip.husnik@gmail.com)